Неочікуваний побічний ефект/ Неожиданный побочный эффект

Коли я зустрічаю статті про вивчення ефекту трансгенності, то починаю позіхати. Це у мене така професійна деформація. Буквально зараз вивчаю ефект одного гену, наробила вже сотні трансгенних рослин і шукаю змінені зовнішні ознаки рослини буквально з лупою. Ефекти видно тільки тоді, коли виключаю якийсь дуже ключовий ген.

А он у сусідньому відділі докторантка в розпачі.

Порівняли два екотипи арабідопсису. Один росте швидко, гарно набирає біомасу, а інший - так собі, хиленький. Визначили точно, яка ділянка геному за це відповідає. В цій ділянці купа різних генів, піди розберись, котрий з них дає такий ефект. Можливо навіть їх взаємодія важлива. Тому взяли не один ген, а всю цю величезну ділянку вирізали з геному жирного арабідопсису і створили таку собі псевдохромосому. І перенесли цей гігантський кусок ДНК з купою генів в хиленький арабідопсис, сподіваючись, що тепер буде огого! Це дуже великий об'єм кропіткої роботи. І що? І нічого. Гени включились, працюють, а бур'янець такий самий хиленький, як і був.

Тепер вигадали перевірити всі його метаболіти в сподіванні знайти, чого цей крокодил так низенько літає.

Метаболіти - це все продукти обміну речовин живої клітини. От у нас є ДНК, де закодовані різні білки. Для життєдіяльності клітини, білки - це інструменти за допомогою яких здійснюється синтез, перетворення і розпад різних важливих сполук (цукрів, амінокислот, ліпідів, нуклеотидів, вітамінів, тощо), а також інших хімікаліїв, відсутність яких викликає не негайну смерть, а довгу і болісну (фенолів, алкалоїдів, стероїдів, ароматичних "добавок" та ін.).

Метаболітів в клітині дуже багато різних і технологія, яка їх вивчає, називається метаболомікою. Кожний нормальний інститут в штаті має фріка, який сидить в кімнаті з quantum access triple stage quadrupole system, а ще краще колекціонує різні хроматографи і спектрометри, які з'являються на ринку, як гриби після дощу. Якщо такого фріка відволікти від натхненного калібрування, тестування дериватних контролів і дати щось поміряти, то на виході буде сила силенна вимірів, які потім зачакловують біоінформатики своїми статистичними закляттями. Результати методу головних компонент беруться інтерпретувати фізіологи і получається дуже добре, бо ефекту все-одно майже ніякого нема.

Ось, наприклад, порівнювали приблизно 1000 метаболітів у трансгенних і різних нетрансгенних помідорів. Partial least squares discriminant analysis (PLS-DA), a supervised method, identified 15 metabolic features of potential interest, but only five were significantly different between the transgenic lines and their nontransgenic parent. Тільки п'ять з тисячі відрізняються, та й ті лежать в межах біологічної варіабельності помідорів взагалі.

Це дуже тонка і дуже дорога технологія, тому доволі цікаво спостерігати, як цим мікроскопом забивають цвяхи і ще й сподіваються, що
Finally, as the biological significance of identified effects is ultimately more important than their mere presence, we hope this perspective allows biotechnology risk assessment efforts to identify suites of differences that need to be assessed for relevance within already acceptable degrees of phenotypic variation approved by consumers, producers, and regulators.

Безсумнівно, є один неочікуваний побічний ефект від паранойї ГМО споживачів та регуляторів - розвиток дорогих і складних аналітичних технологій.

____________________________________________


Когда я встречаю статьи об изучении эффекта трансгенности, то начинаю зевать. Это у меня такая профессиональная деформация. Буквально сейчас изучаю эффект одного гена, наделала уже сотни трансгенных растений и ищу измененные внешние признаки растения буквально с лупой. Эффекты видны только тогда, когда выключаю какой-то очень ключевой ген.

А вот в соседнем отделе докторантка в отчаянии.

Сравнили два экотипа арабидопсиса. Один растет быстро, хорошо набирает биомассу, а другой - так себе, хиленький. Определили точно, какой участок генома за это отвечает. В этом участке куча разных генов, пойди разберись, который из них дает такой эффект. Возможно даже их взаимодействие важно. Поэтому взяли не один ген, а весь этот огромный участок вырезали из генома жирного арабидопсиса и создали что-то вроде псевдохромосомы. И перенесли этот гигантский кусок ДНК с кучей генов в хиленький арабидопсис, надеясь, что теперь будет огого! Это очень большой объем кропотливой работы. И что ? И ничего. Гены включились, работают, а сорняк такой же хиленький, как и был.

Теперь придумали проверить все его метаболиты в надежде найти, чего этот крокодил так низко летает.

Метаболиты - это продукты обмена веществ живой клетки. Вот у нас есть ДНК , где закодированы различные белки. Для жизнедеятельности клетки, белки - это инструменты, с помощью которых осуществляется синтез, превращение и распад различных важных соединений ( сахаров, аминокислот, липидов, нуклеотидов, витаминов и т.д.), а также других химикалий, отсутствие которых вызывает не немедленную смерть, а долгую и мучительную ( фенолов, алкалоидов, стероидов, ароматических " добавок " и пр.).

Метаболитов в клетке очень много разных и технология, которая их изучает, называется метаболомика. Каждый нормальный институт в штате имеет фрика, который сидит в комнате с quantum access triple stage quadrupole system, а еще лучше коллекционирует различные хроматографы и спектрометры, которые появляются на рынке, как грибы после дождя. Если такого фрика отвлечь от вдохновенной калибровки, тестирования дериватних контролей и дать что-то померять, то на выходе будет куча измерений, которые затем заколдовывают биоинформатики своими статистическими заклятиями. Результаты метода главных компонент берутся интерпретировать физиологи и получается очень хорошо, потому что эффекта все равно почти никакого нету.

Вот, например, сравнивали примерно 1000 метаболитов в трансгенных и различных нетрансгенних помидорах.
Partial least squares discriminant analysis (PLS- DA), a supervised method, identified 15 metabolic features of potential interest, but only five were significantly different between the transgenic lines and their nontransgenic parent. Только пять из тысячи. Да и те лежат в пределах биологической вариабельности помидоров вообще.

Это очень тонкая и очень дорогая технология, поэтому довольно интересно наблюдать, как этим микроскопом забивают гвозди и еще надеются, что
Finally, as the biological significance of identified effects is ultimately more important than their mere presence, we hope this perspective allows biotechnology risk assessment efforts to identify suites of differences that need to be assessed for relevance within already acceptable degrees of phenotypic variation approved by consumers, producers, and regulators.

Несомненно, есть один неожиданный побочный эффект от паранойи ГМО потребителей и регуляторов - развитие дорогих и сложных аналитических технологий.