Литдибр

В якості розминки, бо відвикла від днявочки.

Минулі два тижні пройшли під знаком RNA-seq. Спочатку я зробила подвиг Геракла,

запхавши в авгієві конюшні ще трохи навозу. Авгієві конюшні - це європейський архів нуклеотидів. Всі просеквеновані на гроші платників податків геноми і транскриптоми дбайливо складаються в базу даних, аби будь-який зацікавлений платник податків мав змогу подивитись на есемблінг транскриптому ізольованих епідермальних клітин Vicia faba, що диференціюються протягом шести годин.

В цих базах даних чорт ногу зломить і submittion зовсім нетривіальна задача. Особливо нетривіальна вона для біологів, які поняття на мають, що таке і як рахувати MD5 checksum. До того ж, мова йде про передачу файликів по 50 Гбайт кожен, через фаєрвол, який не пускає нікого по ftp. Причому база даних пропонує свій ftp, який я не можу поставити без адміністративних прав, а цих прав у мене нема, а той, хто за це відповідальний - у відпустці. Але мені вдалось подолати всі перешкоди і я майже не плакала.

Після цього вирішила поглибити свої знання в RNA-seq на воркшопі в братньому універі. Це виявився лінукс для чайників-біологів. Тобто три дні з ранку до вечора одного лінукса і трошки R. Я вперше пошкодувала, що не взяла курс пітона, який сама ж і рекламувала. Майбутні біологи, запам'ятайте: сьогоднішня біологія це 1% на полях, 20% розтирання в ступці того, що в полях наросло і 79% інформатики. Я досі обходилась і без лінукса, але бачу, що занурення в цю чорну безодню неминуче, хоч у мене по факту в мізках кріпатура. Не можу сказати, що це дуже складно, принаймні юзати чужі скрипти, але вимагає трохи вправності.

Але це все єрунда, бо почався сезон, до якого я готувалась цілу зиму - віджималась від полу, качала прес і бігала крос. І ось настав цей щасливий момент - лопату в руки і в город, скопати під помідорчики. Ну, що я можу сказати? Наступної зими треба буде включити в програму ще вправи з сапкою і лопатою, присідання і стояння раком, бо у мене по факту в спині приємний радикуліт і в м'язах також кріпатура. Так, це таке хобі.
Ось так, бодрячком, з вивихнутими лінуксом мізками і вивихнутою стоянням раком спиною, а також з геть поламаним циркадним ритмом від переводу годинника, я вступила в новий тиждень.

Для тих, хто дочитав до цього місця, бонус про генетичний годинник. Сама тільки дізналась, ділюсь. Бамбук квітне раз в 80-120 років, а після цвітіння від відмирає. При цьому одночасно цвітуть і відмирають усі вегетативно розмножені нащадки. Тобто якщо ви придбали бамбук, якого відділили від рослини, якій вже майже 80 років, то найімовірніше, що вона незабаром зацвіте і помре. Тому солідні магазини, як правило, пишуть, коли очікується цвітіння. Точніше, коли воно не очікується. Так і пишуть - наступні 120 років цвітіння не буде. Схоже, що навіть мікроклональне розмноження через меристемну культуру не може поламати запрограмований годинник. Якась фірма прокололась, продавши велику кількість саджанців по всій Європі, які швидко зацвіли. Клієнти були незадоволені.
Синхронне цвітіння бамбукових зарослів має також екологічні наслідки: враз вимирають великі площі бамбукових лісів. Такий феномен спостерігали і вивчали в Аргентині. Особливо серйозні наслідки можуть бути для синхронізованих штучних насаджень.
Молекулярні основи запрограмованого цвітіння не вивчені. Поки що проклоновано парочку генів, які підгледіли у арабідопсиса. Але перевірити, чи це вони - важкувато. Традиційний підхід поламати ген і подивитись, чи цвітіння наступить пізніше триватиме довше, ніж життя експериментатора. Втім, в Китаї, де проводяться ці дослідження, вміють терпляче чекати.



_________________________________________________________________________

В качестве разминки, так отвыкла от днявочки.

Прошедшие две недели прошли под знаком RNA-seq. Сначала я совершила подвиг Геракла,

засунув в авгиевы конюшни еще немного навоза. Авгиевы конюшни - это европейский архив нуклеотидов. Все просеквенованные на деньги налогоплательщиков геномы и транскриптомы бережно складываются в базу данных, чтобы любой заинтересованный налогоплательщик мог посмотреть на есемблинг транскриптов изолированных эпидермальных клеток Vicia faba, которые дифференцируются в течение шести часов.

В этих базах данных черт ногу сломит и submittion вовсе нетривиальная задача. Особенно нетривиальная она для биологов, вроде меня, которые понятия на имеют, что такое и как считать MD5 checksum. К тому же, речь идет о передаче файликов по 50 Гбайт каждый, через фаервол, который не пускает никого по ftp. Причем база данных предлагает свой ftp, который я не могу поставить без административных прав, а этих прав у меня нет, а тот, кто за это ответственен - ​​в отпуске. Но мне удалось преодолеть все препятствия и я почти не плакала.

После этого решила углубить свои знания в RNA-seq на воркшопе в братском универе. Это оказался линукс для чайников-биологов. То есть три дня с утра до вечера одного линукса и немножко R. Я впервые пожалела, что не взяла курс питона, который сама же и рекламировала. Будущие биологи, запомните: сегодняшняя биология это 1% в полях, 20% растирания в ступке того, что в полях наросло и 79% информатики. Я до сих пор обходилась и без линукса, но вижу, что погружение в эту черную бездну неизбежно, хотя у меня по факту в мозгах крепатура. Не могу сказать, что это очень сложно, по крайней мере юзать чужие скрипты, но требует немного сноровки.

Но это все ерунда, потому что начался сезон, к которому я готовилась всю зиму - отжималось от пола, качала пресс и бегала кросс. И вот наступил этот счастливый момент - лопату в руки и в огород, вскопать под помидорчики. Ну, что я могу сказать? Следующей зимой надо будет включить в программу еще упражнения с тяпкой и лопатой, приседания и стояния раком, потому что у меня по факту в спине приятный радикулит и в мышцах также крепатуры. Да, это такое хобби.
Вот так, бодрячком, с вывихнутыми линуксом мозгами и вывихнутой стоянием раком спиной, а также с совершенно поломанным циркадным ритмом от перевода часов, я поступила в новую неделю.

Для тех, кто дочитал до этого места, бонус о генетических часах. Сама только узнала, делюсь. Бамбук цветет раз в 80-120 лет, а после цветения он отмирает. При этом одновременно цветут и отмирают все вегетативно размноженные потомки. То есть если вы приобрели бамбук, которого отделили от растения, которому уже почти 80 лет, то, скорее всего, оно вскоре зацветет и умрет. Поэтому солидные магазины, как правило, пишут, когда ожидается цветение. Точнее, когда оно НЕ ожидается. Так и пишут - в ближайшие 120 лет цветения не будет. Похоже, что даже микроклональное размножения через меристемную культуру не может поломать запрограммированные часы. Некая фирма прокололась, продав большое количество саженцев по всей Европе, которые быстро зацвели. Клиенты были недовольны.
Синхронное цветения бамбуковых зарослей имеет также экологические последствия: внезапно вымирают большие площади бамбуковых лесов. Такой феномен наблюдали и изучали в Аргентине. Особенно серьезные последствия могут быть для синхронизированных искусственных насаждений.
Молекулярные основы запрограммированного цветения не изучены. До сих пор проклонировано парочку генов, которые подсмотрели у арабидопсиса. Но проверить, это ли они - трудновато. Традиционный подход поломать ген и посмотреть,  наступит ли цветение позже, продлится дольше, чем жизнь экспериментатора. Впрочем, в Китае, где проводятся эти исследования, умеют терпеливо ждать.