про (ретро)транспозоны и рак (техн.)

Транспозоны (TEs) широко представлены в человеческом геноме, многие способны к копированию посредством РНК, т.е. очень похожи на вирусы. В случае рака происходит разрушение многих механизмов контроля целостности генома, в т.ч. и тех, которые в норме отвечают за подавление "репликации" транспазонов, что в свою очередь может приводить к увеличению скорости и мутагенности ретротранспозиций.  В недавней работе выполнен анализ TE вставок в 43 полно-геномных последовательностях предсавителей 5 различных форм рака. В результате найдено 194 соматические TE вставки (183 L1s, 10 Alus, and 1 ERV, в среднем от 0 до 29 на каждый из типов опухоли, см. картинку слева), а также тысячи TE вставок в соответствующих нормальных геномах. Все соматические вставки L1 и  Alu  удалось найти только в опухолях эндотелия, но не в клетках рака крови или мозга. 64 TE вставки оказались внутри 62 известных генов, многие из которых имеют анкти-онкогенные свойства. Ни одна из TE вставок не пришлась на кодирующий регион, однако уровни экспрессии большинства пострадавших генов снизились. Таким образом показана связь карциногенеза и рака, похоже, что транспозоны дают селективное преимущество раковым клеткам , а не просто возникают из-за разрушения систем репарации генома.

лессонс лернт энд квесченз аксед:
- хорошая новость, что ретротранспозонов "мало", практически можно ограничиться борьбой с L1, может быть еще и с Alu (и тот и тот связанны с многочисленными патологиями)
- транспазоны мутагенны, их очень много в каждой клетке, однако большинство из них "молчат" (возникают на ранних стадиях развития, когда механизмы защиты частично выключены)
- интересно, что даже в раковой опухоли транспазоны не повреждают кодирующие участки
- не все транспазоны одинаково вредны: в клетках иммунной системы за изменчивость отвечает похожий механизм (почитать!)
- в клетках работают очень эффективные механизмы подавления ретротранспозиции, основаные на механизмах РНК-интерференции. Скорость ретранспозиций у дрожжей может составлять всего раз в несколько месяцев или год (на транспазон). Хватит ли этого чтобы заметить эффекты ТЕ в экспериментах, измеряя ПЖ у дрожжей? (посчитать!)