Ералаш

1. Подисана на рассылку биологических позиций из Хайдельберга. Может кому еще надо, то вот тут есть. Не то, чтобы надо мне лично, просто, чтобы представлять, что происходит на рынке умственного труда.
За последний месяц пришло несколько странных автоматических анонсов со смешным содержанием "Пожалуйста, присылайте мне только постдоковские позиции. С уважением...". Сначала один такой мейл, потом еще один. Потом еще. Причем от разных людей, судя по вежливым подписям.

В конце концов кто-то не выдержал и пришел гневный мейл следующего содержания:"Sind das hier wirklich promovierte Menschen, die Anfragen wie "Bitte senden Sie mir nur Post-Doc-Stellenangebote" an eine gesamte Mailing-List schicken???" (Действительно ли это защитившиеся люди, которые рассылают запрос "Пришлите мне только постдоковские позиции" на весь список рассылки???")

Короче, кому надо вот 10 ботанических постдоковских позиций сразу. В Тарту. Все в Тарту.

2. Надо мне всего-то ничего. How can I search a batch of sequences with BLAST? Под катом только для тех, кто знает, что мнепосоветовать.

Мне надо BLASTsearch примерно, штук 100 генов за раз. У меня есть список ID. Могу напрячься и сварганить fasta. Проблема в том, что аннотация из одного Agilenta выглядит так
gb|BN20.040A13F011025 BN20 Brassica napus cDNA clone BN20040A13, mRNA sequence [CD816890]

Толку мне от такой аннотации мало. Мне надо посмотреть на его гомологи. Можно поштучно, что я и делаю, но должно быть нормальное решение для биолога-ламера, а не для информатика, верно?

Есть такая возможностьу ncbi? Есть. К нему меньюал есть. Иду читаю.
Есть web-based. Web megablast is good for scanning a large number of EST type sequences (about 500 kb in length) against a large database. То, что доктор прописал. Но сначала гляну другие варианты.

Есть вроде программа, чтобы удобно с компа. Standalone BLAST executables. These are command line applications; no graphical interface is available. Скачиваю. Инсталлировать не могу, лишена администраторских прав. Надо писать заявку в отдел айтишников. Опять таки, командная строка. Спасибо, не хочу.

Также есть Network BLAST client. The Network client is a simple commandline program. Мдя. Ладно, хоть это и негуманно для магглов.

Иду смотрю web-based. Закидаю для пробы пяток сиквенсов. Получается. Но на каждую последовательность отдельный файл на скачку. То есть скачивать надо отдельно. У меня пока пять тестовых генов. Скачиваю. Файл содержит кучу всего, в основном идентификационные коды. Но, или вообще без названий генов, или название самого гена отрезано нафиг. Там какой-то лимит знаков. Вот так. Ну йомайо.

gb|DQ059298.1| Brassica oleracea var. italica epithiospecifie... 460 1e-126 1

Я, конечно, пойду, как ламер, к информатикам, у них в загашнике наверняка есть решение одной командной строкой. Но вдруг есть для престарелых биологов вариант:
-закинуть сотню генов,
-получить один ексель файл с лимитом хитов по десять на каждый gene. Но чтобы и ID, description и e-value. Мне больше не надо.

За советы учить команды, линукс и С++ спасибо. У меня другие интересы в жизни. Мне интересно, как липид-трансфер ген регулируется.