Поиск публикаций  |  Научные конференции и семинары  |  Новости науки  |  Научная сеть
Новости науки - Комментарии ученых и экспертов, мнения, научные блоги
Реклама на проекте

Как "продать" Python биологам ?

Понедельник, 26 Октябрь, 12:10, d-kishkinev.livejournal.com
Тут коллега lybica учит Python для bioinformatics на Stepik - круто, молодец. Современные знания и уменения - в массы и практику :) !

Ей задал вопрос, и здесь спрашиваю: биологи, экологи - какие действительно веские причины вы находите для применения Python в своей области? Ведь есть "постоянно расширяющаяся вселенная" R с растущим функционалом новых packages? Просто аргумент аля "это ж buzzword и так модно" не особо продашь имхо, да и не надо (мало ли что модно - мода на языки приходит и уходит). Всё таки второй язык учить - усилия и время - а тут не многие в моей среде и первый то (хорошо или вообще как-то) осилили (особенно это overwhelming для студентов - им то и нужно дать первый толчок с весомой аргументацией).

Где я применяю (не типично, на самом деле)

1) Quantative finance
Я знаю и применяю (на среднем уровне) как R, так и Python, но для биологически-академических штук в основном R, а Python для разных quantative finance вещей типа Research и Back-testing разных инвестиционных статегий на Quantopian.com.

2) Автоматизация computing and data wrangling
Ну иногда python script напишешь для того, чтобы что-то автоматизировать какую-то нехитрую работу на Raspberry PI и других single-board computers (например использовал для автоматизации кое-какие data wrangling routines во время радиотрекинга птиц - вроде бы биологическое применение, но очень уж узкое, скорее для electrical engineering, и мы вынуждены это делать, так денег на приглашение инженеров в проект часто просто нет). Иногда большие multi-index таблицы с помощью pandas обрабатываешь (вроде tidyverse в R такие табулярные данные не может пока, но могу ошибаться).

3) Computer vision
Студент у меня на гранте написал open source soft на opencv (знаменитая computer vision library) для простого animal tracking и построения actograms (вещей типа вот этого).


Почему спрашиваю
Собираю идеи, т.к. рассматриваю возможность включить Python в курс Quantative Thinking for Biologists (там пока планируется только R) в основном для postgrads у себя в Keele University, но мне важно собрать и обкатать веские аргументы, если таковые есть, как 'продать' (и вообще есть ли смысл) это биологам.

Какие пока есть идеи:

1) ML
Пока например мне отвечают знакомые из Oxford, что они мол на Python разные machine learning штуки делают (ML libraries там действительно хорошие), но это можно делать и в R и вроде с тем же успехом, так что аргумент пока не силен.

2) Bioinformatics
Видимо
в bioinformatics популярность Python растет, но я не знаю, насколько перекрываются R packages vs Python libraries для биоинформатики.


3) Computer vision in animal behaviour and behavioural neuroscience
Вроде появляются дольно streamlined инструменты для animal tracking и pose estimation для биологов и нейробиологов (тот же проект DeepLabCut, о котором я недавно писал тут и тут).

4) Data visualisation
Data visualisation (н-р ggplot в R vs matplotlib в Python) вроде может быть аргумент, но первый может быть не хуже.

Короче интересны ваши аргументы. Спасибо.
Читать полную новость с источника 

Комментарии (0)