Интересные статьи

Просто заметки про интересные статьи попавшиеся недавно.

Selective and cross-reactive SARS-CoV-2 T cell epitopes in unexposed humans
У 20-50% людей не болевших COVID19 обнаруживаются Т клетки реагирующие на пептиды из SARS-2. Предполагалось, что эти клетки появляются в ответ на предыдущие инфекции обычными коронавирусами, но прямых доказательств этому нет. Интересно, что это в основном CD4 Т клетки (т.е. клетки-хелперы), а не CD8 T клетки, которые убивают зараженные клетки. В этой статье показано, что CD4 T клетки которые реагируют на пептиды из SARS-2 также реагируют на гомологичные пептиды из других коронавирусов, что согласуется с теорией о том, что они появились в ответ на инфекции обычными коронавирусами. Присутствие таких CD4 Т клеток и их специфичность могут влиять на течение болезни, но это вообще пока из ряда непроверенных гипотез.

Activation and evasion of type I interferon responses by SARS-CoV-2
По следам записи Как коронавирус борется с иммунной системой: Во-первых, помимо белка Nsp1 интерфероновый ответ у коронавируса подавляют еще штук 6 других белков. Из них Nsp1 круче всех, он Orf6 тоже недалеко. Если Nsp1 неспецифично подавляет всю трансляцию в клетке, то Orf6 конкретно ингибирует интерфероновые сигнальные пути. Во-вторых, все эти множественные противоинтерфероновые системы не так уж вирусу и помогают. Если посмотреть на зараженные клетки, то интерферон пусть с задержкой, но через 24 часа таки появляется и срабатывает (обычное время ответа – 4-8 часов). Еще большой обзор на эту тему.

Contact Tracing during Coronavirus Disease Outbreak, South Korea, 2020
Отследили контакты почти 6 тысяч пациентов, примерно по 10 контактов на человека и посмотрели кто от кого заразился. Самое интересное – в таблице 2, а именно – даже среди людей которые жили вместе с индексными случаями процент заразившихся – всего 12%. Среди контактов вне дома – 2%. В целом из всех отслеженных контактов нашли около 2000 зараженных, т.е. в данном случае R=2000/6000=0.3, что в 10 раз ниже оценок R0=2.5-4.6. Трудно сказать откуда такая большая разница, но возможные причины: контакты отслеживались уже после появления симптомов у индексного случая (т.е. были пропущены те, кого они заразили до наступления симптомов), бессимптомные случаи не учитывались, уже была введена изоляция, что существенно снижало возможность супер-распространений, в которых один человек может заразить сразу с десяток людей.
Еще интересно, что дети в возрасте до 9 лет очень мало распространяли вирус. Но это тоже сложно интерпретировать, потому что к этому времени дети уже в сады и школы не ходили. И статистика для этой группы хуже всего (количество индексных случаев и отслеженных контактов меньше чем для других групп). И для контраста – дети 10-19 лет распространяли вирус больше всех других групп, но только дома. В общем, интересная статья, но непонятно какие из нее выводы можно сделать.

Clustering and superspreading potential of SARS-CoV-2 infections in Hong Kong
Отследили передачу вируса в Гонконге, фокусируясь на подтвержденных случаях и на анализе кластеров инфекций связанных между собой. Проанализировали около 1000 случаев и как они связаны друг с другом. Самый большой кластер – больше 100 человек был связан с четырьмя барами, которые похоже были связаны друг с другом тем, что в них играли одни и те же музыканты. Интересно, что по их подсчетам 20% случаев вызвали 80% всех инфекций.

Scientists Discover Genetic and Immunologic Underpinnings of Some Cases of Severe COVID-19
Новость от NIH, ссылки на две статьи внутри. В обоих статьях пытались определить что вызывает очень сложное протекание болезни при коронавирусе. В первой статье пишут что среди тяжелых пациентов нашли довольно много (23 из 659) людей с редкими вариантами (в том числе дефектными) генов кодирующих белки участвующие в иммунном ответе, в основном связанных с действием интерферонов. Во второй статье эти же авторы говорят что у 10% тяжелых пациентов были найдены антитела к их собственным интерферонам, что является довольно редким иммунным нарушением (среди здоровых людей они нашли их у 4 из 1227 человек). Обе статьи указывают на важную роль интерферонов в вирусных инфекциях, что конечно неудивительно.