Молекулярная эпидемиология Коронавируса в России

Пишет заведующий сектором молекулярной эволюции ИППИ РАН Георгий Базыкин:

«Коронавирус довольно быстро изменяется: в его геноме случается примерно одна мутация за две недели. Большинство этих мутаций практически не изменяют свойства вируса. Зато их можно использовать, чтобы разобраться, кто, кого, когда и где заразил.

В работе, препринт которой выложен на medRxiv (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.14.20150979v1), мы делаем ровно это. Глядя на геномы 211 вирусов, выделенных из российских пациентов в марте-апреле, мы разбираемся, как начиналась эпидемия в России.

Часть наших результатов подтверждают то, что в сущности было известно и раньше по негенетическим данным; часть результатов для меня была неожиданной.

1. Вирус был завезен в Россию многократно. По нашей оценке, эти 211 вирусных геномов были результатом 67 независимых завозов. Часть из них, возможно, были «перехвачены» на границе или вскоре после. Но как минимум 9 завозов привели к собственным российским вариантам (кладам) вируса, которые цикрулируют только здесь. Я практически уверен, что оба эти числа занижены и что реально завозов было гораздо больше; мы это увидим по мере того, как будем больше секвенировать.

2. Вирус был завезен в Россию поздно. Большинство людей, привезших в Россию коронавирус, приехали сюда в конце февраля-начале марта. Никаких следов более раннего происхождения каких-либо из линий в России нет.

3. Во многих случаях мы можем сказать, откуда был привезен тот или иной вариант вируса, точно. Когда есть прямые данные о поездках, это подтверждается. Житель Чечни съездил на хадж в Мекку – и привезенный им вирус кластрируется с вирусами из Саудовской Аравии. Топ-менеджеры ЯТЭК слетали в Швейцарию – и привезенный ими в Якутск вирус кластрируется со швейцарскими.

4. Вирус был завезен в Россию не из Китая. Хотя примерно половина всех вариантов вируса в это время были в Китае, мы не видим ни одного завоза оттуда. Подавляющее большинство завозов были из европейских стран.

5. Приехав в Россию, вирус остался в России. Мы не видим никаких следов экспорта российских вариантов наружу (в те страны, откуда есть данные) – в отличие, например, от Великобритании, которая была и остается большим экспортером (не говоря уже об Италии, Испании и т.д., откуда европейская эпидемия начиналась). При этом почти сразу вирус начал циркулировать в России; мы видим внутрироссийскую передачу уже 11 марта.

Кроме общероссийской эпидемиологии, мы много возились с НИИ им. Вредена. Это неинфекционная больница в Санкт-Петербурге, где более 700 человек было заперто на месяц под карантином, из них более 400 переболело. Беглов (губернатор Петербурга) говорил, что больницу заразил некий сотрудник, вернувшийся из Турции. Из Вредена у нас несколько десятков образцов. Мы видим, что:

6. Вирус попал туда не один раз, а два, три или даже четыре. Каждый из этих завозов дал свою собственную малую вспышку в рамках общей большой вспышки.

7. В начале вирус быстро распространялся (Rt~3.7); распространение замедлилось (Rt~1.4) только после того, как отделения были изолированы друг от друга, а большАя доля медиков и пациентов переболела.

8. Похоже, что, несмотря на карантин, из НИИ Вредена вирус распространился по Санкт-Петербургу. Мы видим людей, не имевших к этому институту прямого отношения, которые болели именно вреденскими вариантами вируса.

============

Некоторые мысли.

1. Геномная эпидемиология будет становиться мощнее с каждой неделей: вирус накапливает изменчивость, и различать разные варианты становится легче. От нее больше пользы, когда случаев не очень много, так что имеет смысл разбираться с ними индивидуально. (Если случаев очень много – всем надо тупо сидеть дома и никакая эпидемиология особо не нужна.)

2. Если мы собираемся победить коронавирус (и последующие подобные вспышки) и при этом жить нормальной жизнью, то геномная эпидемиология должна стать рядовым ресурсом – наряду с обычными эпидемическими расследованиями и (возможно) использованием мобильных устройств. Я думаю, что масштаб подобных исследований должен быть увеличен во много раз»