Коронавирус, «нулевой пациент» и собаки

В новостях обсуждают сейчас две вещи про новый коронавирус.

Во-первых, заявление FOX NEWS о том, что найден нулевой пациент (якобы он работал в лаборатории в Ухане). Если бы это было правдой, то тому могли бы быть нормальные научные доказательства. Например, была знаменитая история, когда методами филогенетического анализа установили, как один стоматолог заразил ВИЧ часть своих пациентов. Там было сравнение мутаций вируса у пациентов и стоматолога, статья в Science… а тут какие-то неназванные источники и конспирология. При этом в научном мире нет окончательного ответа даже на вопрос о том, от кого первый зараженный человек получил SARS-COV-2. Известно лишь, что ближайший известных родственник вируса SARS-COV-2 – вирус RaTG13 из летучих мышей. Ключевое слово – известных, так как RaTG13 все же отличается от SARS-COV-2, и где-то должны обитать более близкие промежуточные звенья эволюции.

И в связи с этим вторая новость. Сейчас активно обсуждают свежую статью «Extreme genomic CpG deficiency in SARS-CoV-2 and evasion of host antiviral defense», в которой среди прочего предположили, что перед попаданием к человеку предок SARS-COV-2 мог эволюционировать в собаках. Статья вышла в журнале Molecular Biology and Evolution и немного затрагивает сферу моих профессиональных интересов. Для начала упрощенно изложу аргументацию авторов.

У млекопитающих есть механизм противовирусной защиты, который избирательно бьет по парам нуклеотидов CG в геномах вирусов. Чем меньше у вируса CG, тем более он защищен от этого механизма. Авторы обнаружили, что у нашего SARS-CoV-2, а также у его ближайшего известного родственника из летучей мыши RaTG13, как ни у кого мало CG. И это может объяснять успешность вируса в распространении. При этом другие коронавирусы летучих мышей не имеют такого низкого содержания CG в геноме.

Тогда авторы посмотрели, у каких коронавирусов бывает что-то похожее, и нашли такое свойство у коронавирусов собак. Они предположили, что у собак упомянутый противирусный механизм работает активнее, что и вынуждает вирусы в процессе эволюции избавляться от CG пар в геноме. Одна из гипотез такая: вирус перескочил сначала на собак, там эволюционировал, при этом в нем снизилось содержание CG, а уже потом он перескочил на человека.

Впрочем, сам автор статьи признает, что это сценарий передачи вируса от собаки к людям пока просто гипотетический. Не могу не указать на несколько проблем с этим сценарием.

Во-первых, собаки не то чтобы активно болеют SARS-COV-2. Одно исследование в архиве препринтов под названием «Susceptibility of ferrets, cats, dogs, and different domestic animals to SARS-coronavirus-2» сообщает, что вирус плохо размножается в собаках, свиньях, утках и курицах, но неплохо размножается в кошках и хорьках.

Во-вторых, вирус летучих мышей RaTG13 тоже имеет мало CG в геноме, но людей вроде бы не заражает. То есть такой адаптации явно недостаточно. К тому же получается странно: если эволюционный отбор в пользу снижения числа CG возникает только в собаках, означает ли это, что летучие мыши получили RaTG13 от собак? Какой-то сложный сценарий. Проще предположить, что и у вирусов летучих мышей бывает такая эволюция. Тем более что авторы сами пишут, что снижение CG в геноме может идти вирусам на пользу.

Update: мне справедливо указали, что статья про кошек уже вышла в Science и да, похоже они болеют.