Сборная солянка

Эволюция вируса

https://www.gisaid.org/epiflu-applications/next-hcov-19-app/ - сайт на котором собирается информация о секвенированных геномах вируса, она там сразу причем отсортированы в филогенетические деревья. Нажав на стрелочку в верхнем левом углу можно понажимать разные кнопки и поиграть с визуализацией. Чтобы правильно интерпретировать эти данные надо быть специалистом, но в целом основной вывод - пока вирус эволюционирует очень медленно. Но при этом быстрой эволюции пока и не должно ожидаться. Тот же грипп, например, эволюционирует не от хорошей жизни, а потому что большая часть населения приобретает иммунитет к циркулирующему штамму и поэтому ему приходится искать варианты, которые иммунной системой не распознаются. К коронавирусу сейчас популяционного иммунитета нет никакого, вот когда он распространится как следует, тогда будет иметь смысл ожидать возможной эволюции.

Происхождение вируса

Recombination and lineage-specific mutations led to the emergence of SARS-CoV-2 (pdf) - анализ геномов говорит о том, что хотя SARS-2 и является летучемышиным вирусом, его белок S больше всего похож на этот белок из человеческого SARS. Оба вируса получили этот белок неизвестно откуда, но это было довольно давно - лет 10-30 назад. Непонятно, получили ли они его независимо друг от друга, или его получил их общий предок. Авторы предполагают, что переход вируса от летучих мышей к человеку потребовал две стадии - первая это рекомбинация с появлением вируса с этим белком S, а вторая - мутации этого белка. Все это надо принимать с некоторой долей скептицизма, потому что данные довольно шумные и вышеописанное это лишь наиболее вероятная теория в этом шуме.

Распространение вируса

Коронавирус, как известно, распространяется воздушно-капельным путем. Проблема в том, что даже специалистам похоже не полностью понятно, что именно это означает. И даже по поводу уже давно известного гриппа все еще идут споры. Классически микробы разделяли на те, что распространяются воздушно-капельным и воздушно-пылевой. Первые вылетали с большими каплями и оседали на поверхностях в непосредственной близости к человеку, вторые вылетали с маленькими каплями и могли разноситься по-воздуху на большие расстояния. Естественно, граница между ними не может быть резкой. Даже крупные капли не оседают мгновенно. В воздухе крупные капли высыхают и становятся постепенно меньше. Как мы уже обсуждали ранее, вирус может какое-то время выжить и в высушенном состоянии. Разные эксперты очень убедительно аргументируют и про 2 метра, и про передачу через поверхности, и про распространение на большие расстояния. Я попытался залезть в эти дебри и совершенно в них запутался, особенно если пытаться перевести экспериментальные исследования и отдельные анекдоты в реальные риски заражения. Из всего этого я вынес только то, что к идее про "2 метра - безопасное расстояние" надо относиться с осторожностью, и лучше держаться как можно дальше если нет необходимости. Соответственно и маски и очки на всякий случай лучше надевать если идете в людные места. Если кому интересно, вот две ссылки на английском которые мне в целом понравились (обе от одной и той же авторши):

Controversy: Respiratory Protection for Healthcare Workers (обратите внимание, что там 5 страниц)
COMMENTARY: COVID-19 transmission messages should hinge on science

Новости лечения
В подкасте TWiV доктор рассказывал о том, что он видит хорошие результаты при лечении сложных случаев небольшими дозами стероидов в комбинации с ингибиторами IL-6. Они также наблюдают что при кризисе происходят частые тромбы по всему организму, и поэтому антикоагулянты тоже помогают. Они также видят, что переход на ИВЛ ведет к резкому снижению шансов выжить и они пытаются оттягивать это как можно дольше используя разные другие способы подавать кислород. С хлорохином они тоже иногда видят ухудшение. Он также отметил, что сначала в панике доктора кинулись тестировать самые разные лекарства (причем часто все сразу), но что сейчас более-менее "разум вернулся" и идет возврат к идеям доказательной медицины. Он сейчас участвует в коллаборации которая надлежащим образом тестирует эффекты хлорохина и ведет два из трех клинических испытаний этого препарата.

На этой же ноте стоит отметить что призывы к доказательной медицине относятся не только к хлорокину (как подозревают сторонники Трампа). На днях вышло испытание ремдесивира, антивирусного лекарства разрабатываемого компанией Гилеад: Compassionate Use of Remdesivir for Patients with Severe Covid-19 У него точно такие же проблемы как у ранних испытаний хлорохина - вроде бы он помогает, но количество пациентов очень небольшое, исходы очень разные, и нет контрольной группы. Результаты были достаточно обнадеживающие чтобы начать большие правильно-спланированные клинические испытания (таких сейчас аж пять), но слишком рано говорить о том, что всем надо срочно переходить на лечение ремдесивиром. Даже в этом небольшом испытании у значительного количества пациентов наблюдались серьезные побочные эффекты.

Доктор из параграфа выше, кстати, сказал также очень разумную вещь: Исторически мы знаем, что (грубо говоря) из 10 лекарств доходящих до клинических испытаний в результате обычно остается лишь одно. Нет никаких причин считать, что этот результат почему-либо вдруг изменится во время пандемии.