Учеными объяснено, почему так трудно обнаруживать новые опасные вирусы

28.03.2020Актуальное исследование провел коллектив российских ученых, включающий сотрудников МФТИ, опубликовав опубликовав фундаментальный обзор в журнале Viruses.  Ученые систематизировали и описали технологии и методы диагностики вирусных инфекций.“По разным статистическим оценкам, на нашей планете насчитывается более 320 тысяч различных вирусов, паразитирующих на млекопитающих, — говорит один из авторов обзора, сотрудник лаборатории исторической генетики, радиоуглеродного анализа и прикладной физики Камиль Хафизов. — Но из такого гигантского разнообразия человеку пока удалось более-менее изучить меньше одного процента этих загадочных организмов”.Большинство вирусов, в том числе тех, что вызывают у человека респираторные, кишечные и другие патологии, остаются неизученными и потому практически нераспознаваемыми. Дело в том, что применяемые сейчас в повседневной медицинской практике тест-системы способны выявлять только конкретные, достаточно хорошо изученные штаммы вируса.“Фактически люди пытаются разглядеть огромное море угроз через игольное ушко”, – пишут авторы в своей работе. В ней анализируются, в частности, недостатки метода полимеразной цепной реакции (ПЦР-диагностика). Этот основной для современной медицины способ молекулярного тестирования микроорганизмов практически не позволяет обнаружить малоизученные вирусы, что составляет одну из главных проблем современной вирусологии”Но уже появляются методы, способные решить проблему выявления и идентификации новых микроорганизмов. Самой перспективной из таких технологий авторы работы называют NGS (от англ. — Next Generation Sequencing), или cеквенирование нового поколения. По‑русски его часто называют также высокопроизводительным секвенированием, поскольку он позволяет читать очень большое количество участков ДНК одновременно.“Неотъемлемая часть метода — эффективные математические алгоритмы, — объясняет соавтор обзора, аспирантка МФТИ Алина Мацвай. — Они позволяют в процессе чтения генома неизвестного вируса или другого микроорганизма “пробивать” его по всем имеющимся огромным геномным библиотекам, предсказывая всевозможные свойства нового вируса и в том числе его патогенный потенциал”.Основной недостаток NGS — высокая стоимость оборудования и реагентов для проведения исследований этим методом, а также  длительные процессы подготовки проб, секвенирования и анализа данных. Эти ограничения, наряду с жесткими требованиями к квалификации лабораторного персонала, мешают внедрению метода в массовую медицинскую практику. Однако с каждым годом стоимость технологии неуклонно снижается, а скорость, точность и производительность растут. Пандемия коронавируса показала важность методов NGS в выявлении новых патогенов в клинических образцах, а также для изучения молекулярных механизмов передачи вируса от животных к человеку. Возможно, технология будет сертифицирована для применения в здравоохранении уже в ближайшие годы. Изображение: пресс-служба МФТИThe post Учеными объяснено, почему так трудно обнаруживать новые опасные вирусы appeared first on Поиск - новости науки и техники.